Nadat je de Yoni cup hebt verwijderd, leeg je hem in het toilet of de wasbak en maak je hem schoon met wat water, of veeg je hem schoon met een toiletpapiertje. Je kunt ook een pH-neutrale zeep gebruiken, en hem daarna goed afspoelen. Let op dat je de luchtgaatjes goed schoonmaakt, zodat hij de volgende keer weer goed vacuüm kan zuigen.

Tussen menstruaties in kun je de Yoni cup steriliseren door hem vijf minuten te koken in water.