Nadat je de cup hebt verwijderd leeg je hem in het toilet en maak je hem schoon met wat water, of veeg je hem schoon met een toiletpapiertje. Je kan ook een pH-neutrale zeep gebruiken, en hem daarna goed afspelen. Let op dat je de luchtgaatjes goed schoon maakt, zodat hij de volgende keer weer goed vacuüm kan zuigen. 

Tussen menstruaties kan je de cup weer steriliseren door hem 5 minuten te koken in water.